(1)采用制度基礎(chǔ)審計方法，審查稅收征管制度是否健全、有效。
為了做好征稅工作，各稅務(wù)機關(guān)均應(yīng)建立健全稅收征管制度，并認(rèn)真貫徹執(zhí)行。稅收征管制度是否健全、有效，直接影響稅收征管工作的質(zhì)量和效率。開展稅務(wù)審計時，首先應(yīng)對稅務(wù)登記、納稅鑒定、納稅申報、違章處理、票據(jù)管理等稅收管理制度是否健全、有效，進(jìn)行調(diào)查和測試，然后根據(jù)調(diào)查測試結(jié)果，進(jìn)行審計評價，查明稅收管理制度中存在的薄弱環(huán)節(jié)和存在的問題，確定稅務(wù)審計范圍和重點；再據(jù)以進(jìn)行深入、細(xì)致的稅務(wù)審計。這樣，就可以減輕審計業(yè)務(wù)量，節(jié)省審計時間，保證審計質(zhì)量。因此，正確運用制度基礎(chǔ)審計方法是提高稅務(wù)審計質(zhì)量和效率的基礎(chǔ)。
(2)采用審計檢查方法，審查與稅收有關(guān)的會計資料和財實物是否真實、合法、合理。
為了如實反映征稅和納稅情況，征稅和納稅單位均應(yīng)設(shè)有各種憑證、賬簿和報表。開展稅務(wù)審計時，應(yīng)采用審閱、核對、詳查或抽查等方法，對會計資料進(jìn)行審查。借以查明征稅或納稅活動是否真實、合法、合理，以及存在的具體問題，對已查實的問題應(yīng)及時取證。并對已取得的證據(jù)，進(jìn)行鑒證和綜合，使之逐步形成證據(jù)體系。只有取得了充分有效的證據(jù)，才能查明和證實問題。因此，正確運用審計檢查方法，是在稅務(wù)審計中查明和證實問題的必要手段。
(3)采用審計分析方法，查明征稅和納稅中存在問題及其原因。
要查明征稅與納稅中的問題，不僅用審計檢查方法還要用審計分析方法，問題越復(fù)雜，審計分析方法應(yīng)用得越多。尤其是對已查出的問題，還應(yīng)選用恰當(dāng)?shù)姆治龇椒ǎ鹨环治觥⒉槊骶唧w原因。對復(fù)雜的問題，應(yīng)分析各種原因?qū)栴}形成的影響程度，抓住主要矛盾，突出重要原因；然后，針對具體原因，找出具體解決辦法，形成審計意見和建議。在實際工作中，對問題分析得越具體，提出的審計意見和建議就越切實可行；越是切實可行的審計意見和建議，越能提高審計效果。因此，正確運用審計分析方法，是提高稅務(wù)審計效果的有效手段。