在開具貨運發票的當月，發生取消運輸合同、退回運費、開票有誤等情形，開票方收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按照作廢處理；開具時發現有誤的，可以即時作廢。
 
作廢貨運發票必須在公路、內河貨物運輸業發票稅控系統（以下簡稱貨運發票稅控系統）開票軟件（包括自開票軟件和代開票軟件）中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質貨運發票（含未打印貨運發票）名聯次上注明“作廢”字樣，全部聯次監制章部位做剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗。

上述作廢條件，是指同時具有以下情形的：
（1）收到退回發票聯、抵扣聯的時間未超過開票方開票的當月。
（2）開票方未進行稅控盤（或傳輸盤）抄稅且未記賬。
（3）受票方為增值稅一般納稅人的，該納稅人未將抵扣聯認證或者認證結果為納稅人識別號認證不符（指發票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符）、發票代碼、號碼認證不符（指機打代碼或者號碼與發票代碼或號碼不符）。