高新技術企業申報流程的程序如下：
1.自我評價。企業應對照《認定辦法》第十條進行自我評價。認為符合條件的在“高新技術企業認定管理工作網”。
2.注冊登記。企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，按要求填寫《企業注冊登記表》(附1)，并通過網絡系統上傳至認定機構。
認定機構應及時完成企業身份確認并將用戶名和密碼告知企業。
3.準備并提交材料。企業根據獲得的用戶名和密碼進入網上認定管理系統，按要求將下列材料提交認定機構：
(1)《高新技術企業認定申請書》;
(2)企業營業執照副本、稅務登記證書(復印件);
(3)經具有資質并符合本《工作指引》相關條件的中介機構鑒證的企業近三個會計年度研究開發費用(實際年限不足三年的按實際經營年限)、近一個會計年度高新技術產品(服務)收入專項審計報告;
(4)經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表(含資產負債表、利潤及利潤分配表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限);
(5)技術創新活動證明材料，包括知識產權證書、獨占許可協議、生產批文，新產品或新技術證明(查新)材料、產品質量檢驗報告，省級(含計劃單列市)以上科技計劃立項證明，以及其他相關證明材料。
4.組織審查與認定
(1)認定機構收到企業申請材料后，按技術領域從專家庫中隨機抽取不少于5名相關專家，并將電子材料(隱去企業身份信息)通過網絡工作系統分發給所選專家。
(2)認定機構收到專家的評價意見和中介機構的專項審計報告后，對申請企業提出認定意見，并確定高新技術企業認定名單。
上述工作應在收到企業申請材料后60個工作日內完成。
5.公示及頒發證書
經認定的高新技術企業，在“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日。公示有異議的，由認定機構對有關問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術企業資格;公示無異議的，填寫高新技術企業認定機構審批備案匯總表，報領導小組辦公室備案后，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并由認定機構頒發“高新技術企業證書”(加蓋科技、財政、稅務部門公章)。
6.高新技術企業資格自頒發證書之日起生效，有效期為三年。
知識產權、科技成果轉化能力、研究開發的組織管理水平、成長性指標等四項指標，用于評價企業利用科技資源進行創新、經營創新和取得創新成果等方面的情況。該四項指標采取加權記分方式，須達到70分以上(不含70分)。
